上海交大计算机系长期与国外多所高校、科研院所、高科技企业保持良好的合作，比如与东京大学开展的编程理论的研究，与日本信息通信研究机构的机器学习和计算机语言学研究，与日本理化学研究所进行的仿脑计算与计算机智能领域的研究，与法国巴黎七大PPS实验室在程序语义和系统生物形式化领域的联合研究、与德国弗莱堡大学在结构复杂性学术领域的密切合作、与柏林工大建立联合实验室等，这些合作均有长久而持续的合作历史。此外，上海交大计算机系还与IBM、Intel、Microsoft、Google、日立等多家国际知名高科技公司建立了各种层次与类别的合作关系，其中与Microsoft联合建立的“智能计算与智能系统”实验室被列为教育部-微软重点实验室，为人才培养、科学研究、实验室运行模式等方面作出了重要的贡献。

在学术交流方面，上海交大计算机系教师积极参与国际性学术组织和国际会议，其中十多位曾担任国际学术期刊的编委和国际会议的程序委员会委员。2000年以来，上海交大计算机系承办及主办过20多次国际学术会议，包括如INFOCOM2011，IPDPS2012，FG2013等重要会议，极大提升了国际影响力。在引进国外人才方面，考虑到计算机系的长远规划和发展，特邀请受聘为上海交通大学名誉教授的John Edward Hopcropt（图灵奖获得者）帮助计算机系联络和引进国外专家。